Itämeri on murtovesiallas, joka on melko poikkeuksellinen olosuhteiltaan maailman muihin meriin verrattuna. Sen lajisto on melko suppea, ja siellä esiintyy lajeja joita ei toisaalta muissa merissä esiinny. Itämeren historiassa ovat vaihdelleet meri- ja järvivaiheet ja jääkausi on vaikuttanut runsaasti sen muodostumiseen.
Itämeren vesi on kerrostunutta. Suolainen, raskain vesi on pohjalla ja pinnalla vähäsuolaisin vesi. Pohjanmerestä saapuu Itämereen aina toisinaan suolapulsseja, jossa hapekasta, suolaista vettä virtaa Itämeren altaaseen. Tämä muuttaa kerrostuneisuutta, kun saapunut vesi etenee pohjaa pitkin. Se parantaa pohjan happitilannetta. Suolapulssit ovat tärkeitä Itämeren ekosysteemin tasapainolle. Viimeisimmät suolapulssit ovat saapuneet vuosina 2014, 2015 ja 2016 ja ne paransivat jonkin verran pohjan happitilannetta.
Itämeren lajisto
Itämeren kalalajisto vaihtelee runsaasti sijainnin mukaan. Koko Itämeren alueella esiintyy ainoastaan silakkaa. Lajien vaihtelu johtuu Itämeren vaihtelevasta suolapitoisuudesta. Esimerkiksi merenkurkun alueella elää paljon makean veden lajeja, sillä suolapitoisuus on hyvin alhainen. Joitakin merikaloja esiintyy Tanskan salmien lähellä, jossa meren suolapitoisuus vastaa jo lähes valtameren suolapitoisuutta.
Itämeri on melko rehevä luonnostaankin ja sen alueella pesivä linnusto on runsasta. Saaristossa pesii eri lokkilajeja ja tiiroja. Siellä esiintyy myös merimetsoja, joutsenia ja rannikkoalueella merikotkia, joiden kanta on suojelun ansiosta elpynyt.
Nisäkkäitä Itämeressä ei juuri ole. Siellä esiintyy kuitenkin harmaahylje, Itämeren norppa ja eräs pyöriäislaji. Itämeren osittainen jäätyminen talvella aset
taa haasteita nisäkkäiden pesimiselle rannikoilla.
Itämeren ongelmat
Itämeri on yksi maailman saastuneimpia meriä. Sen valuma-alueella sijaitsee monta valtiota ja tästä johtuen jokien mukana tuleva ravinnekuormitus on kova. Itämeri on mereksi hyvin matala, ja yksi maailman liikennöidyimpiä alueita. Tämä on vaikuttanut osaltaan runsaasti sen pohjan kuntoon. Lisäksi meri saattaa osittain jäätyä talvella, mikä pahentaa pohjan tilannetta ja sinne on syntynyt osittain hapettomia alueita.
Pohjassa elävät aerobiset eliöt eivät kestä hapettomia olosuhteita ja kuolevat. Niiden kuollessa anaerobisesti toimeen tulevat eliöt lisääntyvät. Hapettomuus lisää pohjasta vapautuvia rikkivetyjä ja muuttaa varastoituneen fosforin liukoiseen muotoon. Kuolleiden eliöiden hajotus lisääntyy, joka puolestaan lisää hapen kulutusta ja pahentaa happitilannetta entisestään. Happitilannetta voi parantaa suolapulssi, jossa raskaampi suolainen vesi laskeutuu pohjalle, tuoden sinne happea.
Itämerta uhkaa myös rehevöityminen. Se sijaitsee monen valtion valuma-alueella ja tuleva ravinnekuormitus lisää kasvuston määrää. Myös laivoista pääsee jätettä mereen. Itämeren lajisto on kärsinyt myös ympäristömyrkyistä, jotka ovat päätyneet mereen joko laskettuna tai kulkeutumina. Näitä ovat esimerkiksi öljy ja dioksiinit.
Itämeren ekosysteemi on melko herkkä ulkoisille häiriöille. Ravintoketjut ovat lyhyitä ja siksi esimerkiksi vieraslajit saattavat lyhyessäkin ajassa syrjäyttää jonkin alkuperäisin lajin kokonaan. Vieraslajeja saapuu Itämereen liikenteen mukana. Niiden vaikutuksia on hankala tietää ennen kuin ne ovat asettuneet uudelle alueelle. Viimeisen vuosikymmenen aikana Itämerestä on löydetty kahdeksan uutta vieraslajia.